（一）贯彻执行国家、自治区和市有关食品、药品、保健食品、化妆品和消费环节食品安全监督管理方面的法律、法规、规章和政策；研究拟订全旗药品、消费环节食品安全、保健食品、化妆品卫生监督管理方面的政策和规定，并监督实施。
（二）负责消费环节食品许可和食品安全的监督管理；组织实施消费环节食品安全管理规范；组织开展消费环节食品安全状况调查和检测，依法查处违法违规行为。
（三）依法行使对保健食品、化妆品卫生监督管理的职责。
（四）负责药品、医疗器械行政监督和技术监督，监督实施药品和医疗器械研制、生产、流通、使用方面的质量管理规范；依法对药品生产、批发、医疗单位制剂室、医疗器械生产企业许可的初审。
（五）监督实施药品不良反应和医疗器械不良事件监测工作；配合有关部门实施国家基本药物制度，负责辖区内基本药物生产、经营企业质量的监督抽检工作；负责旗内国家处方药和非处方药分类管理制度的组织实施。
（六）负责组织实施中药、民族药监督管理，监督实施中（蒙）药材生产质量管理、中药饮片炮制等规范；依法实施中（蒙）药品种保护制度。
（七）发布全旗有关食品药品监督管理职能中涵盖的相关行业质量信息；负责开展药品、医疗器械、保健食品、化妆品广告监测和违法广告移送、上报和通报工作。
（八）组织查处保健食品、化妆品和餐饮服务环节食品安全方面和药品、医疗器械在研制、生产、流通、使用环节的违法行为。
（九）负责药品行政保护工作；指导旗内药品、医疗器械、保健食品、化妆品、药品包装材料和容器检验机构及药品、医疗器械经营质量认证机构的业务工作。
（十）监督管理麻醉药品、精神药品、毒性药品、放射性药品、易制毒化学品、药源性兴奋剂及特种药械；承担药品、医疗器械和消费环节食品安全突发事件应急处理、风险评估及药品、医疗器械召回的监督管理。
（十一）监督实施药品批发、零售企业企业管理制度和处方药、非处方药、中蒙药材、中药饮片的购销规则；负责医疗机构药械使用环节的监督管理；负责中蒙药材集贸市场和各类药品交易会的监督管理。
（十二）承担与履行职能相应的责任。
（十三）承办旗人民政府交办的其他事项。
内设机构：
（一）办公室
负责机关日常政务的计划、组织、督办和行政事务工作；负责综合性文件和重要报告的起草，负责收发、文印、文电处理、简报、专报的编发；负责会议组织、新闻发布、会议通讯报道、文书档案管理、食品药品监管统计、机要保密和信访、建议及提案工作；负责财务管理、电子政务、信息化建设与管理工作；负责应急管理的组织协调工作；负责机关行政处罚案件的合法性复核工作以及有关行政处罚听证、行政复议、行政应诉和国家赔偿等工作；负责拟订并组织实施全旗食品药品监管人才发展规划及从业人员培训规划、管理办法；负责机关的机构编制和人事管理、对外交流、干部队伍等工作。
（二）保健食品化妆品监督管理
承担保健食品、化妆品的监督管理；组织查处保健食品和化妆品有关违法行为；承担保健食品、化妆品不良反应监测、抽验的报送和相关安全事故的应急处理工作。
（三）餐饮服务食品安全监督管理股
负责消费环节食品安全监管工作；负责消费环节餐饮服务许可管理和日常监督工作；监督消费环节食品安全管理规范和监督管理稽查制度；负责消费环节食品安全状况调查和监测、抽验工作，发布与消费环节食品安全监管有关信息；依法查处消费环节食品安全事故。
（四）药品、医疗器械监督管理股
承担放射性药品、麻醉药品、精神药品、药品类易制毒化学品及医疗用毒性药品、医疗器械等监督管理工作；组织开展药品不良反应监测、医疗器械不良事件报告，负责相关安全事故的应急处理工作；监督实施药品、医疗器械经营质量管理规范；监督实施药品流通法律、法规；组织实施流通领域药品分类管理工作，负责药品经营零售企业、医疗器械专（兼）营许可的初审工作和药品、医疗器械经营企业许可审批后的监管工作；开展农牧区药品供应网建设工作。受理药品、医疗器械违法案件的投诉、举报。依法查处药品、医疗器械研制、生产、流通、使用全过程的违法行为和责任人。
